目前，早期、联合、适量、规则、全程治疗肺结核病的原则已逐步被广大肺结核病患者熟悉及接受，但对在治疗前及治疗过程中要定期查痰还不能理解甚至不能接受。其实痰菌检查对治疗和控制肺结核病是极为重要和必不可少的。
首先，痰菌检查是诊断肺结核病以及判断肺结核病传染性强弱的最直接、最主要的依据。疑有肺结核病除进行X线胸透、摄片检查外，必须进行痰菌检查，医生将根据痰检结果制定合理的治疗方案。痰结核杆菌阳性的病人还可享受政府提供的免费抗结核药品。
其次，痰菌检查是治疗过程中治疗方案转换的重要依据。目前全国统一的治疗肺结核为分阶段联合用药的方案，即在开始阶段的强化期用4－5种药物给予强力的冲击，以尽快杀灭大量结核菌控制传染源阻断传播，以后减少为2－3种药物以巩固疗效。大多数病人经过2个月的强化期治疗后，病灶都会好转，症状都会减轻甚至消失，但这时结核杆菌不一定被消灭。在痰菌尚未转阴的情况下进入巩固期治疗，容易引起结核杆菌死灰复燃，甚至造成耐药的严重后果。所以在治疗满2个月时的查痰尤为重要。如果痰菌尚未转阴，有必要再延长一个月的强化治疗，如果痰菌已经转阴则可放心的进入巩固期的治疗，因为长期的强化期治疗不仅是一种浪费，也会对肌体其它器官尤其对肝脏造成。
最后，痰菌检查是考核肺结核病治疗效果的最主要的标准。在巩固期的治疗中，由于药物比强化期减少，在经过2－3个月的治疗后，必须查痰看看结核杆菌是否反复，以便及时调整治疗方案。初治病人满6个月，复治病人治疗满8个月时再进行痰检痰菌继续保持阴性者，临床上就算治愈了。事实证明，绝大多数肺结核病人经过合理的、规则的治疗都能治愈。
