1、常规病理组织学检查：检查涉及所有手术标本，包括全身各部位的穿刺组织标本、脏器切除标本以及胃镜、肠镜、支气管镜的活体标本，均可进行活体组织检查。医院以治疗呼吸系统、消化系统疾病为主，科室人员在肺癌的病理诊断、肺及消化道肉芽肿性疾病病理诊断等方面有丰富的经验。
2、术中冰冻病理诊断：近年来随着CT的普及，越来越多的肺部小结节在检查中被发现，对于术前无法明确诊断的小结节需要在手术中通过术中快速冰冻技术进行诊断。标本由手术室人员送达病理科后，经过病灶切取、冰冻切片及染色，一般在30分钟内发出初步病理报告。
3、细胞学检查：检查方法包括液基、细胞蜡块、胸腹水、及痰涂片、各种组织穿刺涂片等；细胞学标本相对较易获取，见微知著，有时会从小细胞中发现大问题。
4、免疫组织化学检查：科室目前已开展30余种免疫组化检查项目，包括常见呼吸及消化系统上皮性标记物、间皮性标记物等。该检查通常用于疾病的诊断和鉴别诊断，以及判断某些恶性肿瘤的转归和预后。
5、分子病理检查：分子病理检查是传统病理学为基础，利用分子生物学技术为临床病理诊断、个体化治疗、病情监控、预后判断提供精准的分子病理信息。目前，科室以临床基因检测扩增技术（PCR）为平台，有条件开展肺癌相关多种基因检测项目。科室特色业务石蜡组织结核分枝杆菌核酸检测（TB-PCR）可为结核病的确诊提供有力证据。
6、病理会诊：科室目前接待外院病理切片会诊，主要针对肉芽肿性病变的病理诊断及鉴别诊断，会诊医师会依据显微镜下形态学改变结合特殊染色、分子病理检查结果等为患者提供较为明确的诊断意见。
